A história começa com uma espécie de caos organizada no mundo, quando pessoas começam a caminhar pelas ruas com roupas estranhas e corujas não param de voar pelo céu, fatos que ganham o espaço nos jornais, na televisão e nas rádios, porém, o que as pessoas não sabiam era que esses estranhos era nada menos que bruxos e bruxas, festejando a queda de um grande bruxo das trevas, Loro Voldemort, e as corujas eram usadas para levar cartas de um bruxo para outro.
A família dursley é perseguida por um gato com estranhas marcas em volta dos olhos que parece óculos. Esse gato é, Minerva Mcgonagall, professora da escola de magia e bruxaria de Hogwarts, que os observava transformada em gato, para saber se Harry Potter, um bebê de apenas um ano que seria deixado na porta daquela casa naquela noite, viveria bem.
Harry era filho da irmã da sra. Dursley, Lily Potter, que morreu aquela noite, com seu marido, James Potter, por isso que a criança seria deixada com os Dursley, os seus tios, pois eram os únicos parentes vivos de Harry. Passaram-se dez anos e Harry cresce sendo tratado como lixo naquela casa, e sendo obrigado a dormir no armário debaixo da escada, embora ele nunca soubesse o por quê. Seus tios diziam que seus pais haviam morrido em um acidente de carro, mas foram mortos por Loro voldemort, porém, poucos dias antes de seu aniversário de onze anos, Harry recebe a sua primeira carta de Hogwarts, que ele nem chega a ler, pois é queimada pelo seu tio, que, mais tarde, tranca a passagem do correio. Mas a carta começa a multiplicar-se, aparecendo das maneiras mais estranhas e os seus tios tornam a queimá-las. Até que num domingo, milhares e milhares de cartas aparecem disparadas pela lareira, fazendo a casa tornar-se num caos. Ainda sem desistir, os seus tios, o seu primo, e ele mudam-se para uma casa de pedra, num rochedo, bem longe da civilização, onde, não havia como ser-lhes entregue cartas. Mas na noite de aniversário de Harry, ele é visitado por Rubeus Hagrid, guardião das chaves e das terras de Hogwarts, que conta toda a verdade: Harry era um feiticeiro, assim como seus pais, que haviam sido assassinados por volemort, e não morrido num acidente de carro, e que a cicatriz que harry tinha na testa não era do acidente, mas sim de uma tentativa de assassinato fracassada, que havia destruido Voldemort, por ees razão, Harry era famoso no mundo dos bruxos.
Ele, então, parte para seu primeiro ano na escola de magia e bruxaria de Hogwarts, onde conhece Ronald Weasley e Hermione Granger, que se tornariam os seus melhores amigos e a estudar e a jogar na equipe de quadribol na equipe Grifinória. Após um tempo na escola, o trio perde-se nas escadas, e acaba no terceiro andar da escola, no momento proibido, onde havia um gigante cão de três cabeças, que mais tarde eles descobririam estar guardando a pedra filosofal, uma pedra poderosa feita por Nicolau Flamel que produzia o elixir da vida, que torna quem o bebe, imortal.
Após ocasiões estranhas como na noite de Halloween, onde um trasgo adulto é solto, enquanto o prof. Severo Snape, fica estranhamente ausente no banquete da escola, os três passam a suspeitar de que o pofessor de poções está tentando roubar a pedra. Por isso numa noite proxima do fim do ano, eles decidem impedir que Snape roube a pedra , voltando ao terceiro andar e passando por perigos feitos para guardar a pedra, como: o cão de três cabeças, que fica encima de um alçapão, que leva a uma planta mortífera, ouvisgo do diabo; voar numa vassoura para pegar uma chave para abrir uma porta, que leva a um jogo de xadrez de bruxo; e, por fim, um desafio sobre qual poção deveriam tomar para prosseguir.
Ronny fica inconsciênte no jogo de xadrez de bruxo, e Hermione toma a poção para voltar e pedir ajuda, ajudando Harry a passar pelo último desafio antes, que prossegue, chegando ao local onde estaria a pedra filosofal. Mas, descobre que quem estava a tentar roubar a pedra, não era Snape, mas o professor de defesa contra as artes das trevas, Quirrell, que carregava a única coisa que sobrou de Vodemort debaixo de um turbante Voldemort, tenta destruir o Harry, Mas fracassa mais uma vez, fazendo com que Quirrell morresse, obrigando o bruxo das trevas se esconder novamente.
Harry, Ronny e Hermione voltam para Hogwarts, e a pedra filosofal é destruida por Alvo Dumbledore, diretor da escola, e Nicolau Flamel. Assim volta a vida perturbada até o próximo ano, Harry continua sendo um empregado, para os Dursley, enquanto ele é um inocente deus da beleza.